En diciembre de 1996 se sanciona el Decreto 1661, que establece las misiones y funciones del Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas -CONICET-. A su vez, se deroga el Decreto-Ley 1291/58, de creación del CONICET.

A través de esta normativa, se crea el Consejo Federal de Ciencia y Tecnología (COFECyT), con la misión de concertar y coordinar las acciones de la Nación, las Provincias y el Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires, tendientes al desarrollo nacional de la ciencia y la tecnología.

Se modifica la Ley de Ministerios, y la cartera educativa queda comprendida en el Ministerio de Educación.

Esta Ley, sancionada bajo el gobierno del presidente De La Rúa en abril de 2001, aprueba el Acuerdo de Cooperación Científica y Tecnológica suscripto con la Comunidad Europea.

Mediante esta Ley, sancionada en agosto de 2001,  se establece un marco general para estructurar, impulsar y promover las actividades de ciencia, tecnología e innovación. A su vez, se crean el Consejo Federal de Ciencia, Tecnología e Innovación (COFECYT); la Agencia Nacional de Promoción Científica, Tecnológica y de Innovación; el Consejo Interinstitucional de Ciencia y Tecnología (CICYT); y la Comisión Asesora para el Plan Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación.

Mediante esta Ley, sancionada en noviembre de 2001, se reconoce el empleo y la eficacia jurídica de la firma digital y de la firma electrónica. 

Este Decreto modifica la Ley de Ministerios, y se constituye el Ministerio de Educación, Ciencia y Tecnología.

Esta Resolución de la Secretaría de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva crea el Portal de publicaciones periódicas científicas y tecnológicas, denominado Biblioteca Electrónica de Ciencia y Tecnología de la República Argentina.

Esta ley, denominada de Promoción de la Industria del Software, fue sancionada en agosto de 2004. Crea un Régimen de Promoción de la Industria del Software, enmarcado en las políticas estratégicas establecidas por el Poder Ejecutivo nacional a través de sus organismos competentes, con una vigencia de diez años a partir de su aprobación.

En abril de 2005, el Poder Ejecutivo Nacional sanciona el Decreto 380/2005, por medio del cual se constituye la Fundación Argentina de Nanotecnología (FAN), con el objeto de sentar las bases y promover el desarrollo de infraestructura humana y técnica para competir internacionalmente en la aplicación de micro y nanotecnologías que aumenten el valor agregado de la producción nacional. 

Esta ley, sancionada en agosto de 2006, declara de interés nacional el desarrollo de la tecnología, la producción, el uso y aplicaciones del hidrógeno como combustible y vector de energía. Además, dispone la creación del Fondo Nacional de Fomento del Hidrógeno. 

Esta Ley, sancionada en julio de 2007 por el Congreso de la Nación, promueve el desarrollo y la producción de la Biotecnología Moderna en todo el territorio nacional, a través de un Registro Nacional para la Promoción de la Biotecnología Moderna.